Patogenez mekanizmaları aşağıdaki gibidir:
• Oluşmuş toksin: Toksinle kontamine besinlerin alınması sonucu gelişir, örn: S.aureus, B.cereus, C.Botulinum, inkübasyon süresi çok kısadır, 1-7 saat kadardır.
• Toksin üreten organizmalar: Barsakta toksin üreten bakterilerin alınması sonucu oluşur, örn: Vibrio kolera, enterotoksijenik E. coli (ETEC), C.perfiringens
• Enteroinvazif organizmalar: intestinal mukozayı istila eden bu organizmalar dizanteri yapıp ciddi inflamasyona neden olurlar, Örn, Salmonella typhi, C. Jejuni, Şigella, EHEC.
• Antibiyotik kaynaklı diyare: Antibiyotik tedavisini takiben normal barsak florasının bozulması sonucu bir çeşit bakterinin aşırı çoğalması sonucu olur. En sık etken C.difficile’dir. C.difficile pseudomembranöz kolitin (kolonda pseudomembran oluşturur) etkenidir. Diğer patojenler C.perfiringens ve S.aureustur.
• Nekrotizan enterokolit: iskemi ve infeksiyonun bir­likte olması sonucu görülen nadir bir durumdur, iske­mi intestinal infarkta o da barsak nekrozuna neden olur. infekte ve nekrotik dokular gazlı gangren, sepsis ve paralitik ileusun eşlik ettiği şoka neden olur. Çoğu olgu yenidoğanlarda görülür. Erişkinlerde ise C.perfiringens etkendir.