İnfeksiyon hastalıkları endokrin sistemi iki şekilde etkiler. Erken kabakulak enfeksiyonu komplikasyonu olarak meydana gelen pankreatit veya orşit’de olduğu gibi primer ya da sekonder olarak endokrin fonksiyonu olan organlara yerleşip, burada akut iltihap oluşturabilirler. İnfeksiyonun genellikle lokalize olması ve yaptığı hasarın yaygın olmaması nedeni ile hormon salgısı önemli derecede etkilenmez.

İnfeksiyon haslalıklannın endokrin sistemde meydana getirdiği bozuklukların ikinci şekli de toksinlerle meydana gelen patolojilerdir. Bu tip hastalıklardan en çok etkilenen organ sürrenal bezlerdir.