• Transmural inflamasyon: Bağırsak duvarının tüm katları etkilenmiş olabilir. Fissürlerin, adezyonların, fistül ve sinüslerin oluşmasına neden olur.
• Bağırsak duvarının derin kısımlarında lenfoid birikim
• Submukozal ödem
• Ülserasyon
• inflame bağırsak duvarında ve mezenterik lenf nodlarında nonkazeöz granülomlar %60 vakada vardır.

Klinik belirtiler
Karın ağrısı, diyare, kilo kaybı ile birlikte, anemi belir­tileri, clubbing, ateş, ağız ülserleri ve karında kitle (inflame barsak loopları, abseler) semptomlarına neden olur.
Komplikasyonları: Crohn hastalığındaki inflamasyonun relaps ve remisyonları karekteristiktir ve komplikasyonlarla sonuçlanır.